Dua orang pegawai kanan Mori meletak jawatan kerana skandal pengumpulan dana pada Ogos 2000. Taraf penolakan Mori hampir 60% berikutan siri peletakan jawatan ini.[11]

Pada November 2000, dengan penilaian kelulusan Mori di bawah 30%, ahli politik pembangkang berusaha untuk memenangkan undi tidak percaya terhadap Mori dengan meminta sokongan pemberontak dalam LDP. Hiromu Nonaka, Setiausaha Agung parti itu, menghentikan kemungkinan pemberontakan dengan mengancam akan mengusir mana-mana ahli politik LDP yang memilih tindakan itu.[12] Undian berkenaan gagal dengan jumlah 237 tidak setuju dan 190 setuju.[13] Nonaka meletak jawatan beberapa hari kemudian di tengah spekulasi bahawa beliau akan mencabar Mori untuk menjadi pemimpin LDP.[14]

Menjelang akhir penggal Mori, penilaian kelulusannya menurun menjadi satu digit. Pada Mac 2001, laporan muncul bahwa Mori telah memberitahu pemimpin LDP mengenai rancangannya untuk mengundurkan diri. Walaupun beliau menolak laporan tersebut, ia menyumbang kepada penurunan besar harga pasaran saham Jepun pada awal minggu itu.[15] Pada 6 April, beliau secara rasmi mengumumkan niatnya untuk meletak jawatan.[16] Junichiro Koizumi memenangi pemilihan kepemimpinan LDP berikutnya dan menjadi Perdana Menteri pada 26 April 2001.